Museum Kretek yang diresmikan pada tanggal 3 Oktober 1986 oleh Soeparjo Rustam Gubernur Jawa Tengah merupakan satu-satunya museum kretek di Indonesia, bahkan di dunia.
Menelusuri sejarah rokok kretek di Kudus, bermula dari sosok H. Jamhari, karena deraan penyakit dada yang sering menyesakkan nafasnya, ia mencoba mengoleskan minyak cengkeh pada dada dan punggungnya. Kemudian H. Jamhari mencoba dengan cara lain, yakni cengkeh yang sudah dirajang dicampur dengan rempah-rempah dan ia linting menjadi batang rokok.
Banyaknya permintaan akan rokok racikannya, H. Jamhari membuat rokok dalam jumlah besar. Sejak saat itulah industri rokok terlahir. Dan rokok cengkeh yang diisap menimbulkan bunyi ”kretek-kretek”, khalayak kemudian menyebut rokok tersebut sebagai ”Rokok Kretek”.
Sejarah telah mencatat, industri rokok kretek Kudus mengalami masa keemasan ketika Mas Niti Semito seorang tokoh kretek mengembangkan industri kretek dengan merek ”Bal Tiga”. Hal-hal yang dapat diteladani dari Mas Niti Semito adalah seorang pribumi buta aksara mampu mengelola perusahaan dengan jumlah karyawan mencapai 10.000 lebih pada masa itu (tahun 1906), belum termasuk karyawan sistem abon. Pertumbuhan industri kretek di Kudus berkembang pesat ditandai dengan berdirinya Pabrik Kretek Goenoeng Kedoe, Tebu dan Cengkeh, Delima, Jangkar, Garbis dan Manggis, Sukun, Nojorono, Jambu Bol, dll, serta pada tahun 1951 berdiri pabrik Rokok Djarum.
Sambil berwisata di Museum Kretek pengunjung dapat mempelajari tentang evolusi peradaban manusia khususnya evolusi peradaban kebudayaan lokal berupa kretek. Industri kretek asal mula diproduksi secara tradisional dan berskala kecil. kemudian sejalan dengan perkembangan pola pikir manusia sebagai pelaku, Industri Kretek di produksi dengan teknologi modern /mesin.
Keberadaan Museum Kretek yang terletak di Jalan Getas Pejaten Kudus, mulai tahun 2008 dilengkapi dengan fasilitas-fasilitas:
1. Waterboom
Dengan tiga slide yaitu, spiral waterslide, torpedo waterslide serta manuver waterslide, waterboom Museum Kretek memanjakan anda sekaligus menguji adrenalin.
HTM. Rp. 15.000,- (include bermain di kolam arus dengan perahu kayak).
2. Ember Tumpah
Pesta air yang dipadukan dengan nuansa air tumpah menambah keceriaan anak-anak anda.
HTM. Rp. 5000,- /orang
3. Mini Movie
Suguhan film dokumenter berjudul Kudus Kota Kretek, pengunjung dapat menyimak sejarah Kudus sebagai penghasil kretek. Kapasitas tempat duduk 20 kursi cocok untuk dinikmati bersama keluarga.
HTM. Rp. 20.000,- sekali putar untuk 20 orang.
4. Fasilitas Penunjang lainnya
Rumah Pamer Joglo Pencu
Rumah adat Kudus yang disebut juga Oemah Pencu mempunyai nilai penting bagi sejarah karena keunikan dan gaya khas yang dimilikinya, dindingnya terbuat dari kayu jati pilihan dan diukir gaya khas 3 dimensi. Jumlahnya sangat terbatas dan jenisnya sangat langka, maka rumah adat Kudus ditetapkan sebagai Benda Cagar Budaya yang harus dilindungi dan dilestarikan. Rumah adat Kudus memiliki 3 bidang ruang yaitu Joglo satru, Gedongan, dan Pawon. Rumah Adat Kudus bisa menjadi wisata edukatif untuk semua kalangan.
5. Taman Bermain anak-anak
6. Mushola
7. Kios Kuliner dan Souvenir
8. Kantin
9. Area Parkir