Nama Kupang yang sesungguhnya berasal dari nama seorang raja, yaitu Nai Kopan atau LaiKopan yang memerintah Kota Kupang sebelum datangnya bangsa Portugis di Nusa TenggaraTimur. Pada abad ke-15 daerah Nusa Tenggara Timur pada umumnya dan pulau Timor padakhususnya telah ramai dikunjungi oleh pedagang-pedagang dari wilayah Indonesia Barat denganmaksud untuk berdagang kayu cendana. Pada tahun 1436 pulau Timor mempunyai 12 kota Bandar namun tidak disebutkan namanya.Dugaan ini didasarkan bahwa kota Bandar tersebut terletak di pesisir pantai yang strategis, dansalah satu daerah pantai sekitar teluk Kupang. Daerah ini merupakan wilayah kekuasaan RajaHelong, dan yang menjadi Raja pada saat itu adalah Raja Koen Lai Bissi.
Pada abad ke-16datang dua kekuasaan asing di Nusa Tenggara Timur dengan pusat kegiatannya di pulau Solor, dan membangun sebuah benteng pertahanan yang dikenal dengan nama Benteng Lohayong. Dari pulau Solor bangsa Portugis mulai memperluas kekuasaannya ke seluruh wilayah Nusa TenggaraTimur. Pada tahun 1613 VOC yang berkedudukan di Batavia mulai melakukan kegiatan perdagangannya di Nusa Tenggara Timur dengan mengirim tiga kapal yang dipimpin oleh Apolonius Scotte menuju pulau Timor dan mendarat di Teluk Kupang, dan diterima oleh Raja Helong, yang sekaligus menawarkan sebidang tanah untuk keperluan markas VOC. VOC belum mempunyai kedudukan yang tetap di pulau Timor.
Pada tanggal 29 Desember 1645 seorang Padri Portugis yang bernama Antonio de Sao Jasintomendarat di Kupang. Beliau mendapat tawaran yang sama dari Raja Helong, dan tawarantersebut disambut baik oleh Antonio de Sao Jasinto dengan mendirikan sebuah benteng kecil ditempat tersebut. Namun benteng tersebut ditinggalkan karena terjadi perselisihan di antaramereka.VOC semakin menyadari penting wilayah Nusa Tenggara Timur bagi kepentingan perdagangannya, sehingga pada tahun 1625 sampai tahun 1663 VOC melakukan perlawanan kedaerah kedudukan Portugis di pulau Solor, dan dengan bantuan orang-orang islam di Solor, benteng Portugis Ford Henricus berhasil direbut dan jatuh ke tangan VOC. Pada tahun itu jugaterjadi gempa bumi yang dahsyat di pulau Solor, sehingga benteng tersebut runtuh.
Pada tahun 1653 VOC melakukan pendaratan di Kupang dan berhasil merebut bekas benteng Portugis Ford Henricus Concordia yang terletak di muara sungai Teluk Kupang, tepatnya di Kelurahan Fatufeto (sekarang) dibawah pimpinan Kapten Johan Burger.Kedudukan VOC di Kupang pada waktu itu langsung dipimpin oleh Openhofd J. van Der Heiden. Selama VOC menguasai Kupang dari tahun 1653 hingga tahun 1810 telah menempatkan 38 orang Openhofd di Kupang, dan yang terakhir adalah Stoopkert yang berkuasa dari tahun1808 hingga tahun 1810.
Nama Lai Kopan oleh Belanda disebut Koepan, dan dalam bahasa sehari-hari berkembangmenjadi Kupang. Pada tahun 1810 di Kupang ditempatkan seorang residen bernama J. A.Hazaart.Untuk pengamanan Kota Kupang maka Belanda membentuk daerah penyangga di sekitar Teluk Kupang dengan mendatangkan penduduk dari Rote, Sabu, dan Solor. Untuk lebih meningkatkan pengamanan kota, maka pada tanggal 23 April 1886 oleh Residen Creeve telah ditetapkan batas-batas kota Kupang yang diumumkan dalam Lembaran Negara Nomor 171 tahun 1886 denganluas wilayah kurang lebih 2 km². Oleh karena itu pada tanggal 23 April 1886 ditetapkan sebagaihari lahir Kota Kupang.
Setelah Indonesia merdeka melalui Surat Keputusan Gubernemen tertanggal 6 Februari 1946 Kota Kupang diserahkan kepada Swapraja Kupang, yang kemudian dialihkan lagi statusnya pada tanggal 21 Oktober 1946 dengan bentuk Timor Elland Federate atau Dewan Raja-raja Timor dengan Ketua H. A. A. Koroh, yang juga sebagai Raja Amarasi. Berdasarkan Surat Keputusan Kepala Swapraja Kupang Nomor 3 tahun 1946 tertanggal 31 Mei1946 dibentuk Road sementara Kupang dengan 30 anggota dewan. Selanjutnya pada tahun 1949Kota Kupang memperoleh status Haminte dengan walikota pertama Th. J. Messakh. Pada tahun1955 ketika menjelang Pemilu, dengan Surat Keputusan Mendagri Nomor PUD.5/16/46tertanggal 22 Oktober 1955 Kota Kupang disamakan statusnya dengan wilayah kecamatan.
Pada tahun 1958 dengan UU Nomor 64 tahun 1958 Propinsi Sunda Kecil dihapus dan dibentuk tiga daerah swatantra, yaitu Daerah Swatantra Tingkat I Bali, Daerah Swatantra Tingkat I NusaTenggara Barat, dan Daerah Swatantra Tingkat I Nusa Tenggara Timur. Pada tahun 1958ditetapkan UU Nomor 69 tahun 1958 tentang pembentukan daerah-daerah tingkat II (kabupaten)yang antara lain Kabupaten Kupang. Dengan Surat Keputusan Gubernur Kepala Daerah Tingkat I Propinsi Nusa Tenggara Timur Nomor 17 tahun 1969 tanggal 12 Mei 1969 dibentuk sebuahwilayah kecamatan yakni Kecamatan Kota Kupang. Kecamatan Kota Kupang mengalami perkembangan yang pesat dari tahun ke tahun. Pada tahun1978 status Kecamatan Kota Kupang ditingkat menjadi Kota Administratif Kupang yang berdasarkan PP Nomor 22 tahun 1978, yang peresmiannya dilakukan pada tanggal 18 September 1978. Pada waktu itu Drs. Mesakh Amalo dilantik menjadi Walikota Administratif yang pertama, dan kemudian digantikan oleh Letkol Inf. S. K. Lerik pada tanggal 26 Mei 1986 sampaidengan perubahan status menjadi Kotamadya Daerah Tingkat II Kupang.
Perkembangan Kota Administratif Kupang sangat pesat selama kurang lebih 18 tahun, baik di bidang fisik maupun non fisik. Kedudukan Kota Administratif Kupang sebagai ibukota Propinsi Nusa Tenggara Timur merupakan Pusat pengembangan wilayah Nusa Tenggara Timur. Untuk meningkatkan daya gunadan hasil guna dalam penyelenggaraan pemerintahan, pelaksanaan pembangunan, dan pelayananmasyarakat, maka rakyat dan pemerintah Kota Administratif Kupangmengusulkan KotaAdministratif menjadi Kotamadya Daerah Tingkat II Kupang, dan ternyata disetujui oleh DPR dengan disyahkannya RUU Nomor 5 Tahun 1996 tentang Pembentukan Kotamadya DaerahTingkat II Kupang menjadi UU pada tanggal 20 Maret 1996.Kemudian UU ini ditetapkan oleh Presiden RI menjadi UU Nomor 5 tahun 1996 tentangPembentukan Kotamadya Daerah Tingkat II Kupang yang tertuang dalam Lembaran Negara RI Nomor 3632 tahun 1996. Pembentukan Kotamadya Daerah Tingkat II Kupang diresmikan oleh Mendagri RI Moh. Yogi SM pada tanggal 25 April 1996.
Sumber: http://www.scribd.com/doc/79528782/Sejarah-Kota-Kupang